1248年，贵由去世后，他的遗孀斡兀立·海迷失宣布了为其儿子及王位的摄政。这位皇后心中暗自盘算，希望能将汗位传给窝阔台家族的一位王子，或者是她与贵由的亲生儿子忽察进行继承（当时的忽察尚且年幼，仅是个孩童）。然而，作为成吉思汗家族的直接后裔，拔都的态度在此事中显得尤为关键。他与拖雷的遗孀唆鲁禾帖尼联手，排挤了窝阔台家族，使唆鲁禾帖尼与拖雷所生的长子蒙哥登上了大汗的宝座。1250年，库里勒台大会在拔都设立的阿拉喀马克营地召开，拔都在会上正式推荐蒙哥为下任大汗。

出席会议的投票者中，支持的声音仅来自术赤家族与拖雷家族。窝阔台和察合台的代表们以参会人数不足为由，拒绝参与投票。为了确保选举的公正性，至少让部分反对派闭嘴，拔都决定在蒙古的神圣之地再次召开库里勒台大会。尽管窝阔台和察合台的成员拒绝前来，拔都的计划依旧没有受到太大影响。到了1251年，拔都派遣弟弟别儿哥再次召集会议，尽管窝阔台家族和蒙哥的支持者表示强烈抗议，最终还是将蒙哥推举为大汗。

此场政变的顺利程度，可以归结为几个关键因素。首先，拔都作为成吉思汗家族的长支之首，在这一重要职位空缺的时刻，掌控了实权，实际上行使着独裁的权力；其次，蒙哥是一位武力强大的典型人物，而正统的窝阔台王族却年少无知，缺乏受人尊重的威信。不过，拖雷家族的篡位行为终究是对传统权威的巨大挑战，因此受害者的反抗几乎在所难免。窝阔台宗王试图在库里勒台大会结束前推翻蒙哥，但其阴谋败露，导致反对派的军队被缴械，他们的智囊团被一一处决，甚至包括合答黑与镇海，而他们自己也落入了敌手，成为俘虏。

蒙哥对窝阔台家族实施了严厉的惩罚：摄政皇后斡兀立·海迷失被剥去衣物审讯后，竟被缝入麻袋投进水中淹死；当失烈门征战归来，蒙哥也毫不留情地将其淹死。此外，贵由幼小的儿子忽察被流放到遥远的哈拉和林以西的地区。相对而言，合丹和海都因主动投降被赦免，继续保留了自己的封地。与此同时，蒙哥还处决了察合台家族的首领也速蒙哥，并立其家族中的另一位王子哈剌旭烈兀来替代他；而察合台的孙子不里因在欧洲战争中的叛乱行为，被蒙哥交给拔都处决，以示惩戒。